現代では性自認と性指向は区別されて考えられるが、昔は混同していた人たちも多かった。出生的に男性である人が性自認は女性である場合に、昔は多くの人が、それなら性指向としては男性を好きになるのであろうと考えていたようであるが、実際には女性しか好きになれないという人もけっして少なくはない。もちろん、性自認が男性で出生が女性である人の性的指向が男性に向いているケースも多い。
ことばの上でも「ゲイ」は本来同性愛を意味するのに、日本で「ゲイボーイ」というと酒場で女装して給仕をする人のことを指すのが普通であるし、また「おかま」という言葉（この言葉は差別的なので使用しない事が望ましい）も女装者の意味で使用したり男性の同性間性交の意味で使用したりして、やはり言葉の混乱が生じている。
そもそも出生的な性、性指向、性自認は「連動しやすい」ものではあるが「完全に連動する」ものではないのである。条件を「出生の性と性自認はそれぞれ独立しており男、女いずれかである」「性指向は男、女どちらか一方を持つ」「性嗜好を考慮に入れない」とすれば下記の8種類のパターンが存在すると考えられるが実際にはこれ以外にも様々なバリエーションがあって状況は複雑である。（出生の性?半陰陽 性自認-中性、両性、無性、第3の性 性指向-両性愛、無性愛、全性愛 性嗜好-機会的同性愛、肉体的性別と性自認が逆転した人（トランスジェンダー）が好きなど
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